サーバーのcronを使ってPHPファイルを実行する場合、そのPHPファイルの実行ユーザーはcronの実行ユーザーになります。つまり、cronジョブを設定したユーザー（例えば、rootや特定のシステムユーザーなど）の権限でPHPスクリプトが実行されます。

一方、Webサーバー（例えばApache）経由でPHPファイルを実行する場合、その実行ユーザーは通常、Webサーバーの実行ユーザー（例えば、www-dataやapacheなど）になります。

したがって、cronを使ってPHPを実行するときとWebサーバー経由でPHPを実行するときでは、実行ユーザーが異なる可能性があります。これはファイルの読み書き権限などに影響を与えるため、注意が必要です。